Institut 1922 yilda Hukumat qarorini bajarish yuzasidan Yalang‘och qishlog‘ida  seleksion stansiya sifatida tashkil etilgan. Keyinchalik, yaʼni 1929 yilda O‘zbekiston Paxtachilik ilmiy-tadqiqot instituti (SoyuzNIXI)  tashkil etilgan. G‘o‘za urug‘chiligini nazorat qilish markaziy rasadxonasi 1934 yilda tashkil topgan yirik ilmiy muassasa hisoblanib, Vazirlar Mahkamasining 1992 yil 22 yanvaridagi №25-sonli qarori asosida O‘zbekiston Respublikasi Qishloq va suv xo‘jaligi vazirligi O‘zbekiston qishloq xo‘jaligi ilmiy-ishlab chiqarish Markazi taʼsarrufiga o‘tkazilgan. Markaziy rasadxona nomi o‘zgartirilib, Respublika qishloq xo‘jalik ekinlari birlamchi urug‘chiligi va urug‘shunoslik stansiyasi deb nomlangan.

O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining 2014 yil 10 fevraldagi “O‘zbekiston Qishloq xo‘jaligi ilmiy-ishlab chiqarish markazi faoliyatini takomillashtirish to‘g‘risida”gi PQ-2125-sonli qarori asosida O‘zbekiston G‘o‘za seleksiyasi va urug‘chiligi ilmiy-tadqiqot instituti, O‘zbekiston Paxtachilik ilmiy-tadqiqot instituti va Respublika birlamchi urug‘chilik va urug‘shunoslik stansiyasi negizida Paxta seleksiyasi, urug‘chiligi va еtishtirish agrotexnologiyalari ilmiy tadqiqot instituti tashkil etilgan.