Institut 1922 yilda Hukumat qarorini bajarish yuzasidan Yalang‘och qishlog‘ida seleksion stansiya sifatida tashkil etilgan.

Keyinchalik, 1929 yilda O‘zbekiston Paxtachilik ilmiy-tadqiqot instituti (SoyuzNIXI) tashkil etilgan.

1934 yilda G‘o‘za urug‘chiligini nazorat qilish markaziy rasadxonasi tashkil topgan va yirik ilmiy muassasa sifatida faoliyat boshlagan.

1992 yil 22 yanvardagi Vazirlar Mahkamasining №25-sonli qarori asosida institut O‘zbekiston Respublikasi Qishloq va suv xo‘jaligi vazirligi O‘zbekiston qishloq xo‘jaligi ilmiy-ishlab chiqarish Markazi tasarrufiga o‘tkazilgan. Markaziy rasadxona nomi o‘zgartirilib, «Respublika qishloq xo‘jalik ekinlari birlamchi urug‘chiligi va urug‘shunoslik stansiyasi» deb nomlangan.

O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining 2014 yil 10 fevraldagi “O‘zbekiston Qishloq xo‘jaligi ilmiy-ishlab chiqarish markazi faoliyatini takomillashtirish to‘g‘risida”gi PQ-2125-sonli qarori asosida O‘zbekiston G‘o‘za seleksiyasi va urug‘chiligi ilmiy-tadqiqot instituti, O‘zbekiston Paxtachilik ilmiy-tadqiqot instituti va Respublika birlamchi urug‘chilik va urug‘shunoslik stansiyasi negizida Paxta seleksiyasi, urug‘chiligi va etishtirish agrotexnologiyalari ilmiy tadqiqot instituti tashkil etilgan.